L’administration de la Caisse est assurée par un Conseil d’Administration composé de 12 membres. Chaque département dispose de 4 administrateurs. Dont 2 sont désignés par les membres de droits et 2 sont élus en assemblée générale par les membres adhérents à jour de leurs cotisations, 8 jours avant l’assemblée générale élective.
Dans chaque département, un Président secondé par un directeur d’agence est chargé de la mise en oeuvre des décisions du conseil d’administration.
Un Directeur Général gère les affaires communes et coordonne l’activité des trois agences.
Les comptes de l’association sont élaborés par un expert comptable et certifiés par un commissaire aux comptes.